วามหลากหลายทางชีวภาพในประเทศญี่ปุ่น ประกอบด้วยพืชประจำเขตภูมิภาค, สัตว์ประจำเขตภูมิภาค และที่อยู่อาศัยตามธรรมชาติ เกาะของประเทศญี่ปุ่นจะยึดระยะทางยาวจากเหนือจรดใต้ และครอบคลุมหลากหลายของเขตภูมิอากาศ ส่งผลให้เกิดความหลากหลายของสายพันธุ์สัตว์ป่าเป็นอย่างมาก แม้จะมีการแยกเกาะญี่ปุ่นจากแผ่นดินใหญ่ของทวีปเอเชียก็ตาม ในภาคเหนือของประเทศ จะมีสายพันธุ์แบบที่มีอยู่ในภูมิภาคซับอาร์กติกเป็นจำนวนมาก ส่วนทางภาคใต้จะมีสายพันธุ์แบบที่พบในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ตามแบบฉบับของภูมิภาคเขตร้อน โดยในพื้นที่เหล่านี้จะมีหลายสายพันธุ์ที่ปรากฎอยู่ในประเทศจีนและประเทศเกาหลี นอกจากนี้ ประเทศญี่ปุ่นยังมีสิ่งมีชีวิตเฉพาะถิ่นจำนวนมากที่ไม่สามารถพบที่อื่นใดนอกจากนี้ได้.
หรือที่รู้จักกันในชื่อ สัตว์ป่าและพรรณพืชของประเทศญี่ปุ่น