TATA boxและพันธะไฮโดรเจน

ทางลัด: ความแตกต่างความคล้ายคลึงกันค่าสัมประสิทธิ์การเปรียบเทียบ Jaccardการอ้างอิง

ความแตกต่างระหว่าง TATA boxและพันธะไฮโดรเจน

TATA box vs. พันธะไฮโดรเจน

TATA box หรือ Goldberg-Hogness boxเป็นโปรโมเตอร์ที่ทำหน้าที่กระตุ้นการทรานสคริบชันอยู่ห่างจากจุดเริ่มไปทาง 5’ 30 คู่เบส เป็นลำดับเบสที่ประกอบด้วยเบส A และเบส T มาก เกี่ยวข้องกับการนำเอนไซม์อาร์เอ็นเอ โพลีเมอเรสไปสู่จุดเริ่มต้นที่ถูกต้อง พบในอาร์เคียแบคทีเรียและยูคาริโอต ประมาณ 24% ของยีนในมนุษย์มี TATA box ภายในโปรโมเตอร์ TATA box มีลำดับดีเอ็นเอหลัก 5'-TATAAA-3' หรือเปลี่ยนแปลงไปบ้างโดยมากตามด้วยอะดีนีนสามตัว ปกติมี 25 คู่เบสทางด้านอับสตรีมของบริเวณที่เกิดทรานสคริบชัน เชื่อว่าเป็นบริเวณอนุรักษนิยมของกระบวนการวิวัฒนาการตั้งแต่เริ่มมียูคาริโอต ปกติจะถูกจับด้วยTATA binding protein (TBP) ระหว่างเกิดทรานสคริบชัน ทำให้ดีเอ็นเอคลายเกลียว ซึ่งบริเวณที่มี A T มากจะคลายเกลียวได้ง่ายกว่าบริเวณที่มี G C มาก TBP จะจับกับร่องเล็กของดีเอ็นเอและจับแบบเบตาชีท TATA box มักจะเป็นตำแหน่งที่เข้าจับของ RNA polymerase II และ TFIID ซึ่งเป็นทรานสคริบชันแฟกเตอร์เข้ามาจับกับ TATA box จากนั้น TFIIA จะเข้ามาจับด้านอับสตรีมของ TFIID ส่วนTFIIB เข้าจับกับด้านดาวน์สตรีมของ TFIID RNA polymerase II จะจดจำกลุ่มของโปรตีนนี้ได้และเข้ามาจับ เช่นเดียวกับทรานสคริบชันแฟกเตอร์อื่นๆ เช่น TFIIF TFIIE และ TFIIH ทรานสคริบชันจะเริ่ม RNA polymerase II เคลื่อนไปตามสายดีเอ็นเอโดยออกจาก TFIID และ TFIIA ที่ยังจับกับ TATA box และทำให้ RNA polymerase II โมเลกุลใหม่เข้ามาจับได้ ยีนที่ไม่มี TATA box จะใช้ downstream core promoter (DCE) การศึกษาจีโนมในมยุษย์ พบว่ามีโปรโมเตอร์ที่ขึ้นกับ ของมนุษย์ขึ้นอยู่กับ TATA box ~ 10% การศึกษาก่อนหน้านี้ พบว่าประมาณ 1,000 ยีนพบโปรโมเตอร์มี TATA box อยู่ด้วย 32%. น้ำ ซึ่งในรูปแทนด้วยเส้นประสีดำ ส่วนเส้นขาวทึบเป็นพันธะโควาเลนต์ที่ยึดเกาะกันระหว่าง ออกซิเจน (สีแดง) และ ไฮโดรเจน (สีขาว) พันธะไฮโดรเจน (Hydrogen bond) เป็นอันตรกิริยานอนโคเวเลนต์ชนิดหนึ่ง ที่เกิดขึ้นระหว่างอะตอมที่มีสภาพลบหรือมีอิเล็กโทรเนกาทิวิตีสูงกับอะตอมของไฮโดรเจนที่สร้างพันธะโควาเลนต์กับอะตอมที่มีอิเล็กโทรเนกาทิวิตีสูงอีกอะตอมหนึ่ง พันธะไฮโดรเจนจัดเป็นแรงทางไฟฟ้าสถิตระหว่างสภาพขั้วบวกและสภาพขั้วลบ หรือเป็นอันตรกิริยาแบบขั้วคู่-ขั้วคู่ ทั้งนี้ พันธะไฮโดรเจนอาจเกิดขึ้นภายในโมเลกุลหรือระหว่างโมเลกุลก็ได้ พลังงานพันธะไฮโดรเจนอยู่ระหว่าง 5-30 kJ/mol ซึ่งมีความแข็งแรงมากกว่าแรงแวนเดอร์วาล์ว แต่อ่อนกว่าพันธะโคเวเลนต์และพันธะไอออนิก อนึ่ง ในโมเลกุลขนาดใหญ่ เช่น โปรตีน หรือ กรดนิวคลีอิก ก็อาจมีพันธะไฮโดรเจนภายในโมเลกุลได้ นิยามโดย IUPAC "พันธะไฮโดรเจนเป็นอันตรกิริยาแบบดึงดูดระหว่างอะตอมไฮโดรเจนจากโมเลกุลหรือส่วนของโมเลกุล X-H โดยที่ X มีสภาพลบหรืออิเล็กโทรเนกาติวิตีสูงกว่าไฮโดรเจน กับอะตอมหรือกลุ่มของอะตอมในโมเลกุลเดียวกันหรือโมเลกุลอื่นที่มีหลักฐานแสดงการเกิดพันธะ" โดยทั่วไปแล้ว พันธะไฮโดรเจนจะถูกแสดงด้วยสัญลักษณ์ X-H…Y-X เมื่อจุดสามจุด (…) แทนพันธะไฮโดรเจน X-H แทนผู้ให้ (donor) พันธะไฮโดรเจน ตัวรับ (acceptor) อาจจะเป็นอะตอมหรือไอออนลบ Y หรือส่วนของโมเลกุล Y-Z เมื่อ Y สร้างพันธะกับ Z ในบางกรณี X และ Y อาจจะเป็นอะตอมชนิดเดียวกัน และ ระยะ X-H และ Y-H เท่ากัน ทำให้เกิดพันธะไฮโดรเจนแบบสมมาตร (symmetric hydrogen bond) และในบางครั้งจะพบว่า ตัวรับพันธะไฮโดรเจนอาจจะเป็นอิเล็กตรอนคู่โดดเดี่ยวของ Y หรือพันธะไพ (pi bond) ของ Y-Z.